De Elbe heeft veel zijrivieren, maar enkele van de bekendste zijn:
- Moldau (Vltava): Dit is de grootste zijrivier van de Elbe. De Moldau stroomt door Praag, de hoofdstad van Tsjechië.
- Saale: Deze rivier stroomt door Oost-Duitsland en mondt uit in de Elbe bij Halle (Saale).
- Havel: De Havel is een complex waterwegstelsel met verschillende meren en kanalen. Samen met de rivier de Spree vormt hij een belangrijke waterweg in Duitsland.
- Elde: Deze rivier stroomt door Noord-Duitsland en mondt uit in de Elbe bij Dömitz. De Elde staat bekend om het grootste meer van Duitsland, de Müritz.